Efectivamente, usando la última versión del mkvtoolnix (4.5.0) y marcando esa casilla, funciona también perfectamente. En resumen, los .mkv que no llegan a cargar, pasándolos por el mkvtoolnix otra vez con la casilla de marras marcada, funcionan bien.
En cuanto al TrueHD, yo también uso un amplificador Onkyo, y el BD550 configurado para que pase el audio al ampli sin procesar. Aún así, el TrueHD no lo reproduce, ¿estás seguro de que tú lo has conseguido? Si me pudieses decir qué película probar, te estaría muy agradecido.
Seguimos investigando, saludos.