Vamos por partes...
- La PS3 la puedes conectar a la entrada Game/TV perfectamente, porque efectivamente se trata de una entrada... La televisión lógiamente deberas conectarla a la salida, es decir el conector marcado como OUT que se encuentra justo al lado contrario de la entrada IN4 que comentas.
- La segunda y tercera cuestión en mi opinión se contestan a la vez, ya que creo que es bastante interesante el hacer la calibración de los altavoces. El Sub lo pones con el volumen a la mitad aproximadamente, y al calibrar el Onkyo ya te lo ajustará al nivel adecuado, después si te parece que los graves no tienen bastante entidad puedes subir el volumen del Sub, o sino al contrario, en función de tus gustos personales.