Yo también pienso que los puntos en común que tenga Prometheus con la saga Alien se basarán exclusivamente en la primera película de la saga. No en vano, da la impresión de que, Weyland-Yutani aparte, el nexo común será la aparición de los Space Jockeys, con lo que es probable que Scott no aborde la historia reflejada en el resto de la saga, excepto si acaso con un algún tipo de guiño. Además recordemos que este proyectó comenzó como un remake de Alien.
Por supuesto, AVP y su secuela serán completamente ignoradas, de eso no tengo la menor duda.