Por supuesto. Tú escoges qué subtítulos y pistas de audio quieres en el vídeo. Los extras aparecen como partes de vídeo a parte. Seleccionas todo, lo conviertes en una carpeta, y verás que te saldrá la película y luego los vídeos extra a parte.
MKVMerge es una útil herramienta para añadir pistas de vídeo, audio o subtítulos a un contenedor MKV, pero no sirve para el propósito que él está buscando... Ni tampoco busca una conversión o codificación, por lo tanto Handbrake tampoco va a serle de ayuda.
Saludos.