A mí se me ha actualizado automáticamente el 2.0.0.12 en el PC de casa con Windows 2000, en los tres macs, y en 3 PCs de la oficina sin ninguna incidencia a destacar.

Solo se me ocurre que uses un cortafuegos que haya detectado cambio en el ejecutable y al preguntar si da acceso o no a Internet tú inadvertidamente o alguien más que tenga acceso a la máquina lo haya bloqueado.

Por ejemplo, con Zone Alarm suele pasar eso.