Tienes que fijarte en cada programa por el que pasen los subs que los frames por segundo sean los correctos. Si el DVD es PAL seran 25fps, al ripearlos con SubRip fijate en ese detalle y si luego los editas con Subtitle Workshop o cualquier otro programa, lo mismo. El Workshop en concreto, tiene la mala costumbre de cambiar el fps si no está puesto correctamente antes de abrir el fichero.