Pues el que te suceda eso es que explorer no se rige por ningún estandar a la hora de publicar las webs, a mi me ha pasado de montar una web y por error meterle mas marcos de lo normal y en explorer me lo mostraba bien y después en firefox me salió una cosa rarísima.
Te recomiendo que hagas lo que hagas en una web siempre mires su aspecto en Firefox u Opera que si siguen unos estandar de código, si ahí se ve bien en explorer seguro que se verá bien.

Saludos.