No es posible hacer lo que dices si quieres conservar la compatibilidad con un lector de dvd estándar.

Lo que sí puedes hacer es meter esos .avi de los capítulos grabados en un dvd a pelo y meterlos en un reproductor de dvd compatible con el codec (audio y vídeo) presentes en los archivos .avi (que no es complicado hoy en día).