Estoy con Huguito, tienes que tener manera de seleccionar salida pre out para subwoofer o por alta, si no lo encuentras, puedes probar a poner los altavoces frontales en corto (pequeños), así obligadamente debería mandar la señal al subwoofer por la PRE OUT, pero vamos tiene que estar en ese detalle de la salida seleccionada donde tienes el fallo.

Saludos. Atheneo

P.D. Entendemos que el subwoofer, lo dejas en crossower al máximo, y el volumen para empezar a unos tres tercios del total del mismo, para luego ir calibrándolo.