Yo creo que está claro.
Los pocos que compramos Blurays, cuando queremos una película lo normal es que si tiene versión 3D (normalmente combo 3D + 2D) compramos esa versión porque no suele haber mucha diferencia de precio entre la edición 2D, especialmente si se espera un poco a que baje el precio.

El caso de Capitan Harlock es especial, ya que es una película que ha sido editada para ser vista en 3D, y por lo tanto carece de lógica que hayan decidido vender en España la versión sólo en 2D.
Sin querer comparar películas ni ventas, es como si hubieran decidido vender en España sólo en 2D Gravity, o Avatar, o películas similares que hayan sido rodadas y editadas para disfrutar en 3D, aunque se puedan ver perfectamente también en 2D.

Yo soy de los que tampoco me comparé bajo ningún concepto la versión española.

Por cierto, ¿cómo es posible que haya en internet "copias de seguridad" de la película en su versión 3D con audio en castellano?, ¿son montajes de alguien que tiene la versión 3D extranjera y la versión 2D española?