Es problema de codecs de la PS3, que es, sinceramente, una basura. Yo he tenido el mismo problema y es que la mitad de los archivos dan problema. O no los lee, o no se escuchan. No se porqué no han hecho un esfuerzo y han metido una actualización para que pueda leer MKV o subtítulos .srt por ejemplo.
Hay programas que convierten pero a mí ninguno me ha dado buen resultado. Solución para mí: streaming desde el PC conectado por LAN con el PS3 Media server. Cada uno tendrá su opinión