Sony tiene los "publishing rights" (como se ha indicado, comprados a Jackson) que puede que sean diferentes a los derechos que pueda mantener Apple Records, que deben ser algunos porque se ve que interpuso una demanda a EMI en 2005 por impago de royalties:

Apple, on behalf of the surviving Beatles and relatives of the band's late members, again sued EMI for unpaid royalties, in a case beginning in 2005. The case was settled in April 2007 with a "mutually acceptable" conclusion, which remained confidential.
Fuente: http://beatles.wikia.com/wiki/Apple_Corps
Saludos