No se si tendré más problemas en el futuro, pero el que me daba un .mkv lo solucioné gracias a un consejo Cambiar algo de ese archivo con una version antigua de mkvtoolmix, MKVToolnix 3.04: http://dl.dropbox.com/u/7504053/mkvtoolnix.v3.4.0.7z

Un saludo!