Yo en el nuevo portátil con windows7 cambié a la versión 4.algo en español del mkv toolnix y me pasó lo que a tí, que no leía nada. Tuve que buscar la versión que usaba antiguamente (la 3.1) y todo volvió a funcionar.
Por cierto, ¿alguien sabe hasta cuando está de oferta en MediaMarkt con las 9 pelis de Universal por 139 euros?