A los que tengais problemas al reproducir algun mkv que en el ordenador si os funciona, deciros que las veces que me ha pasado a mi, ha sido simplemente que el archivo a sido muxeado con una version de mkvtoolnix 4.0 ó superior.

La solucion, por lo menos a mi me funciona, es volverlo a muxear con la version 3.2 y entonces si se reproduce sin ningun problema.

un saludo.