Los capítulos se meten fácilmente con el mkvtoolnix (en la pestaña "Editor de capitulos" del mkvmerge GUI). Si abres el archivo mkv que llevaba capitulos con el mkvmerge GUI los verás ahí. El handbrake lo hace automáticamente al ripear un DVD. No tengo ningún Bluray para hacer pruebas porque mi lector del ordenador no lee bluray, pero estoy bajandome uno del t0rrent (46 GB!!!) para experimentar con el ripeo a mkv.