Bueno el problema se basa en que el reproductor solo puede reproducir mkv con Format profile hasta High@L4.1, cosa muy extraña si me preguntan porque los mp4 si los reproduce hasta High@L5.0, solucionas esto cambiandole el profile con un programa llamado tsMuxeR y dandole el nuevo profile o con el programa Yamb haciendo un mp4 legible para el reproductor, cualquiera de las 2 formas no afecta en lo minimo la calidad del video a muxearse, tomando en cuenta los framerates etc, igual suerte xD