¿Ese programa recomprime? Si recomprimes, pierdes calidad.
¿No preferirías usar MKV y sin recomprimir?
Te explico cómo hacerlo con programas gratuitos y desde sus páginas directas.
Primero abres el archivo con un programa (es un ejecutable, no se instala) que se llama tsMuxeR, abajo tiene varías opciones, puedes desde darle estructura de Blu ray (no permite añadir más que un archivo) o bien la opción demux. Demux lo que te va a hacer es sacarte lo que tenga el archivo, te lo descompone, en general te dará un archivo con el vídeo, otro separado con el audio y si los hay, otro con los subtítulos. Bien, ya tienes separado el archivo original en sus componentes, además, lo hace muy muy rápido.
Ahora vas a usar otro programa, también gratuito, que se llama mkvmerge GUI, que como su nombre indica (merge, unir, juntar, fusionar) te va a hacer un MKV a partir de los archivos obtenidos con TSMuxer. Abres programa (este es instalable) y le metes los archivos obtenidos anteriormente, los reconoce automáticamente. Yo primero le meto el vídeo, después el audio y por último los subtítulos. Abajo de la interface te viene para ponerle la carpeta de destino, la seleccionas y le das a "iniciar multiplexado", y en pocos minutos tendrás un MKV de tu programa de TV grabado, y sin recomprimir, con exactamente la misma calidad porque lo único que has hecho es cambiar de un formato de contenedor a otro.
Que no te parezca lioso, es lo más fácil del mundo.