Aqui tienes una guia completa para reproducir mkv.
Yo utilizo el Media player classic y el zoomplayer. Al instalar el zoomplayer el mismo programa se encarga de descargar todos los codecs que necesitas. Si no, los esenciales son:
Matroska pack lite
ffdshow
coreavc (para los mkv de HD)
ac3filter
DirectVobSub
Y creo que no se me olvida ninguno.... suerte!