Cada vez que activan el Codigo Fuente y "mandan" a Gyllenhaal a esos 8 minutos, se crea una realidad paralela. Y en todas, el acaba muriendo, y su mente regresando a la primera realidad. Pero esas realidades paralelas existen (aunque ya no las veamos, porque han perdido interes). Bien, hasta aqui, creo que coincidimos. Paso a explicarte lo que no entiendes (o yo si creo entender):
En la ultima conexion del Codigo Fuente, Gyllenhaal desactiva la bomba del tren (de la cual nadie en ese momento y en esa realidad conoce su existencia, ni siquiera "la agencia", salvo Gyllenhaal, ya que aun no ha explotado), y avisa de que hay un furgon cargado de explosivos en X sitio. Entonces manda el SMS a Goodwyn, y le dice eso de que: "Si recibes este SMS, es que el Codigo Fuente funciona mejor de lo que creeis...". Si ella recibe el SMS (que lo hace), lo hace en esa realidad creada, en la cual, no explota el tren, no hay amenaza de furgon-bomba, y por supuesto, no han enviado aun a Gyllenhaal al CF a intentar descubrir al terrorista. Goodwyn, al leer el mensaje, sospecha de que va la cosa, pero se lo calla. Y por la tele, en esa realidad, dan la noticia de que Sean (Gyllenhaal) ha desactivado la bomba, y detenido al terrorista, frustrando sus planes.
Luego esta la otra realidad, en la que si que ha explotado el tren, y han enviado a Gyllenhaal a encontrar al terrorista, y consiguen parar el furgon. Que esa es la que dices tu, en la que celebran que el Codigo Fuente funciona. Despues de eso, Gyllenhaal suplica poder volver al CF, y Goodwyn le envia. En esa conexion se crea la realidad paralela que comento en el parrafo anterior.