Yo no me preocuparía de momento por estas cuestiones, es imposible juzgar un equipo en una sala como la que tienes. Sin muebles ni nada vas a tener unas resonancias brutales, y con los monitores en una estantería es muy probable que gran cantidad de bajos esten siendo absorvidos por el mueble, quizá por eso notes un "hueco", esos monitores deben poder llegar por debajo de los 80Hz sin problemas, pero si el mueble se "come" algo pueden no solaparse con el sub y de ahi puedes tener el "vacio". Haz pruebas con calma cuando tengas la distribución definitiva.
En cuanto a la posición, como vosotros he oido de todo, yo lo tengo en frente(al lado de la TV) unicamente porque es donde me cabe, hay gente que dice que esa configuración es la mejor, pero tb. he oido que detras del sofá sorprende más, o que con el puerto bass-reflex hacia una pared potencias los bajos(lo cual es cierto pero no creo que conjuge bien con el resto del equipo). Vosotros mismos. Probad, probad, probad (NOTESE, señor Kores que no he incumplido su copyright :] ). Saludos .