Como una imagen vale mas que 1000 palabras, os pongo un par:
En el apartado add file le damos "choose" para seleccionar el archivo .mkv, luego hacemos click en las pestaña de configuration:
Configuramos el audio en español (Spanish) así siempre nos cogera solo el audio en español , el file spliting ponemos none para que no nos trocee la pelicula, colocamos el formato de salida que queramos avi,mpg,vob y por ultimo codex de video utilizado, podeis escoge tanto mpeg2 como xvid, el primero el unos minutos te la hace y el segundo puede tardar 15 o 20 minutos. La calidad es muy similar.
Y por ultimo nos vamos a la primera pestaña y hacemos click en add file para que comience la conversión.