¿Discos duros internos o externos mediante cajas multimedia?

Hola amigos.

Dispongo de sendas cajas Silverstone ML03, ML04 y GD09, en las cuales se pueden montar varios tipos de discos duros, slim o tradicionales, pero mi pregunta es ¿qué es mejor, tenerlos todos internamente en el ordenador o mediante cajas multimedia?

Lo comento porque a través de cajas como tengo algunos, pierde la detección de alguna y cada vez me da más rabia, por lo que estoy pensando en quitarme aparatos y conexiones varias.

¿Qué me aconsejáis?