El MakeMKV es un programa muy potente, pero tiene la pega de que no comprime, solo extrae. Es decir, funciona en modo passthrough, coge la información del archivo de vídeo M2TS y la mete en un contenedor MKV. Como resultado, tus copias privadas ocuparán en disco lo mismo que el original, dependiendo de la película en cuestión y si están en BD25 o BD50, variará entre 15-18gb hasta los 48-50gb, lo cual no es operativo. El DVDFab sí comprime, y te saca directamente, si lo configuras de este modo, copias en h264 y AAC (popularmente llamadas MicroHD), que sería 'casi' lo más óptimo (hoy en día lo más óptimo es el h265).
El error que te da con la tabla BD tiene que ver con la protección del disco, no es que tengas nada mal, y muchos programas no pasan por ahí. MakeMKV sí que pasa, pero el archivo resultante seguirá teniendo la protección, impidiendo que se grabe de nuevo en un BD (como es lógico).