Yo reproduzco algunos MKV en el AppleTV (tuneado con el patchstick, no OOB). Depende del codec de video que tenga el mkv

Lo que suelo haer en este caso, es convertir el mkv con el visualhub en un mp4 (H.264 720p y estéreo), luego añadirle la pista AC3 con el quicktimepro y salvarlo como mov

Es como veo actualmente la HD en el AppleTV