Puede que iTunes sea el problema. Este programa usa unos drivers propios, creo que de Gear Software, y puede que estén interferiendo con tu software de grabación. Esto suele ser bastante común en Windows, que tiene una gestión de drivers lamentable. Algo parecido pasa cuando instalas Nero. Sus drivers pueden hacer que todo lo que lea o grabe funcione como diez veces mas lento que antes, excepto el propio Nero, claro.

Prueba a desinstalar iTunes. Si aún así sigue sin funcionar, instalate los drivers ASPI. Incluso podrías probar a instalar estos drivers antes de quitar el iTunes, a ver que tal.