El límite de archivos para el sitema de archivos FAT32 es de 4GB(3,99GB) la partición de grabación es UDF tiene límite, creo, de 32GB por archivo. Al pasar lar grabaciones desde el propio cube las corta en trozos de 3,99GB para que pueda almacenarlas en la partición FAT32.
Desde el propio cube o desde el servidor samba no se puede escribir en NTFS, pero desde USB claro q sí como si fuera un disco extraible.
La partición NTFS tiene su sentido para guardar archivos de más de 4GB, como pelis HD o ISOs DVD9.