Ya me contesto yo mismo, porque según Google parece que es posible.

Estoy probando el Parametric Equalizer Pro (shareware) y en principio funciona.

Con una Sound Blaster Audigy 2 ZS, selecciono la entrada "Lo que se oye" y puedo ecualizar en tiempo real.

Voy a ver si me hago con un sonómetro y me pongo yo también a jugar a ésto, que me parece muy interesante.