Se supone que el programa que estas usando recupera particiones , así que con eso bastaría.
Si no, es que se ha fastidiado la particion y reza para que solo haya sido eso.

Y sobre lo de de desconectar el dispositivo así en plan caliente, pues como que no. Aunque no estes accediendo a el, internamente está funcionando. Lo suyo es como dices. Desconectarlo primero via soft y luego cable.

Suerte.