Hola yo tengo para esos casos el Easy Recovery Professional 6.0 y la verdad que en casos como el mencionado por ti, me ha recuperado toda la estructura de archivos etc, de muchos discos duros, sobre lo que comentan de desconectar en caliente, etc, siempre que pones un dispositivo en el equipo te aparece la utilidad para desconectar en modo seguro, ya que a veces si cortas en caliente puede dar la casualidad que el disco esta en ese momento leyendo, etc., y por tanto dañar la estructura, o el disco en si, de momento por lo que comentas que estas extrayendo datos, tiene pinta que solo ha sido tema de partición. Espero que recuperes todo lo que tenias en el importante, cuando lo salves si tienes ocasión prueba la aplicación que te he mencionado por si te recupera la estructura como la tenias. Un saludo