La verdad es que es muy raro lo que te pasa. A mi en ocasiones mi reproductor me dio formato no válido con algunos archivos y el problema era que el audio estaba retrasado con respecto al vídeo.

No se si me explico, no es que se oyera tarde el audio, iba perfecto, era que el que montó el fichero puso una corrección para que coincidiera.

Eso lo sabes utilizando el programa MediaInfo y mirando la pista de audio. Si tiene retardo te lo indicará ahí.

Un saludo.