¿sigues usando la versión "problemática"?
acabo de probarlo de nuevo:
1) en modo estándar me carga FFDShow y así aparece en la lista de filtros usados.
2) en modo personalizado NO me carga FFDSHOW, sólos los filtros wmv y wma. pero se le puede forzar FFDSHOW, tal y como se explica en la guía. una vez forzado, FFDShow aparece en la lista de filtros.