Hola:
Aunque tengo reproductor de CD, toda la música que escucho lo hago con htpc como fuente, aunque siempre por salida digital hasta un receptor AV. La calidad de sonido es igual que la de cualquier reproductor de Cd o DVD que puedas usar.
Para tu caso y aunque no tengo subwoofer, con unas clavijas en Y podrías sacar la señal de línea desde la salida frontal L-R del pc hasta tus cajas amplificadas y hasta la entrada del subwoofer. Luego tan solo tendrías que ajustar el corte del subwoofer.
Lo que no he probado ha sido a configurar la tarjeta de audio como 5.1 y sacar señal analógica por los 3 minijacks, pero creo que si lo configuras así aunque pongas música estéreo sí saldrá señal de subwoofer por el minijack correspondiente y tan solo tendrías que emplear otro cable minijack-RCA para conectarlo.
La prueba es sencilla y no hace falta que tengas ya el subwoofer para comprobarlo. Simplemente conecta uno de los altavoces autoamplificados como si fuera un subwoofer y escucha qué es lo que suena con música estéreo por él.
Otra opción sería agenciarte algún conjunto 5.1 en el que las cajas se conecten directamente al subwoofer y, aunque no escuches nada en 5.1 (pero ya lo tienes por si acaso) tan solo tendrías una conexión digital entre el htpc y el subwoofer.
Saludos.
GoldMike