Como dice el compañero, primero de todo creo que la PS3 no soporta MKV. Por otro lado, el MKVmerge te serviría para fusionar con el vídeo todas las pistas de vídeo, audio o subtítulos que lo desees (y su contraparte es el MKVextract para quitarlas). La cosa está en que si quieres un archivo con hard-subs (subtítulos pegados) probablemente necesites cambiar de códec a mp4@h.264 (más recomendado) o avi@Xvid (menos recomendado por su inferior ratio de compresibilidad, pero menos rechazado por dispositivos caseros).

En tu caso, la codificación (recompresión en este caso) es un proceso que, dependiendo de la potencia de tu procesador, puede tardar de minutos a horas, también dependiendo del programa que uses y los parámetros. Por ejemplo, avisynth es un sintetizador de filtros/scripts avi que te permite moldear la forma del vídeo en muchos aspectos y es utilizado en organizaciones de subtitulación de series no profesionales (como por ejemplo los conocidos fansubs). Herramienta poderosa pero que requiere la familiarización con el lenguaje de avisynth.

Mi recomendación: si tu PS3 no va a coger MKV, recomprímelo a Mp4@H.264 con cualquier programa sencillo de usar que no te haga perder mucha calidad y que te permita pegar los subtítulos.