El HD lo deberias conectar como master. El tener la grabadora y el lector en el mismo IDE lo único malo es para las copias al vuelo, serán más lentas, ya que no podrá darse un flujo de datos constante entre los dos dispositivos, por lo demás no tiene importancia. Lo de esclavo y master ya el que más rabia te de. teniendo en cuenta que el que sea master será el de arranque en caso de querer instalar un sistema operativo, no tiene importancia a efectos de rendimiento.

El HD debes conectarlo al "final" del cable IDE, no al conector intermedio, sino al final, siempre es así en el caso de que sólo haya un dispositivo en un cable IDE. Y poco más, debería de funcionarte si haces eso, pones la grabadora en master, el lector en slave, pones al final del IDE la grabadora y en "medio" el lector. Y en el otro IDE, al "final" pones el HD en master. Con esto debería estar todo.

PD: no estoy seguro de que en verdad tengas que poner el HD en slave, porque no se si la placa madre primero intenta arrancar desde un dispositivo SATA o no, pero todo es probar.