Logan sucede en la nueva linea como New Mutants no veo el problema.
Ambas tienen independencia pero es el mismo universo en la nueva linea, de ahi las conexiones ect.. ( Logan de hecho tenia la suya con la escena post-creditos de Apocalypse por lo que ahi ya hay un salto en la trama de Mr Sinister y corporacion que nos lleva a ese futuro, el pasado no cambio eso porque no debio pasar nada como dices no tendria sentido, ademas el lio empieza cuando en Logan dicen que fue 25 años antes cuando emepzaron a no nacer mutantes, eso ya seria a partir del 2005 no en los 90 y se sabe que la nueva trilogia no daria mas saltos temporales y la secuela de Fenix iria en los 90 tambien por lo que no entrarian en el tema de la corporacion, ya en fenix no habia nada de ese tema ni habian grabado escenas que dejaran fuera sobre eso segun dijeron y eso que hablaron de todo lo que quedo fuera, incluso el director hablo mucho y nada de Sinister ni corporacion).
Que esten muertos los x-men no es problema pues solo murieron 5 o 6 y no dicen cuales. Mangold explico que elimino la escena donde salia su muerte para darle mas entidad propia a Logan pero tambien para dejar la puerta abierta a que regresasen los que quisiese el estudio... Por lo que en ese futuro podria cruzar Los nuevos mutantes mas los de Logan mas algunos x-men conocidos con la trama corporacion/Sinister.
Ademas el primer guion de NM era en los 90 con Xavier y la escuela .Boone lo confirmo que despues se cambio para alejarla de esos jovenes y no cruzarlos por lo que luego tenian otros planes en el futuro de Logan..Serian dos sagas que segurian su camino en el pasado y en el futuro, ese era el plan para asi no depender una de otra.