Con mas velocidad no, pero con menos si.
Lo normal es que el primero sea x16 y el segundo x8 y en el caso concreto de esta placa base, el tercero es x4.
En respuesta a la pregunta original, puedes poner la gráfica en el slot que quieras, que en todos va a funcionar, pero obviamente, el rendimiento va a bajar si la pones en el segundo o tercer slot.