Prueba primero con mkvtoolnix (aunque no suele funcionar, yo lo sueleo utilizar solo para poner y quitar idiomas y subtítulos) y si no con tsmuxer. Este último es bastante más lioso, pero es muchísimo más completo y tiene cantidad de opciones útiles como la de cambiar el "level" o los "fps", pero ármate de paciencia porque cada prueba que hagas tardará varias horas.
De todas formas yo estoy un poco verde en este tema, igual otro compañero del foro puede ilustrarnos con algún programa más sencillo a la par que rápido.
Un saludo.