La razón más corriente para que no se oiga un video despues de una conversión de formato es que el programa conversor, en tu caso el Nero, no puede leer el audio del fichero origen por ausencia de los codecs/plugins necesarios.

Te recomiendo que uses otro/s programa/s para hacer la conversión y la elección no es facil porque todos, al menos los que yo he probado, fallan en algo. Yo uso WinAVI para convertir trailers de MOV a MPEG2, sólo el video, el audio lo convierto con TMPGEnc y luego lo multiplexo con el propio TMPGenc.