Solo hay dos: el bueno (salir de la ciudad con las Little Sister) y el malo (tomas las riendas de Rapture y envias splicers a la superficie). Aunque el final verdadero de cara al resto de la saga sería el primero.
El papel de la doctora Tenenbaum no cambia mucho en las dos versiones (salvar o matar Little Sister), aunque te proporciona más recursos si las salvas.
Algo parecido pasa con Sander Cohen: Si lo matas nada más baja las escaleras para ver su obra maestra, pierdes muchas mejoras y recursos que te proporciona a lo largo del juego.