Respuesta corta: no (mucho). Con la excepción del 2, son independientes.
Respuesta detallada: Vamos a ignorar todo los otros juegos de Shin Megami Tensei, y centrarnos solo en la subsaga Persona(porque si no ésto se complica mucho más que la linea temporal de Zelda). Ignoremos también que Vincent de Catherine (un juego que NO es del universo SMT) también aparece en un momento.
Spoiler:
Y aprovecho para decirte que a pesar de que suelen tener grandes tramas y personajes, el juego tiene un ritmo muy desigual. Me explico: como puedes elegir en cada momento si centrarte en trama, subtramas o mazmorras, puede ocurrir que estés varias horas leyendo, varias horas con mecánicas Sim o varias horas luchando. Y es un juego largo, más de 120+ horas fácilmente. Mi consejo es el mismo que para los Yakuza: haz lo que quieras en cada momento y si ves que te cansa una cosa, cambia a otra.Spoiler:
Voy a poner unos breves consejos en spoilers. Que no los lea nadie si quiere saber nada de nada antes de jugar.
Spoiler: