Para gente que busca hipertrofia muscular se suele recomendar hacer ejercicio aeróbico después del trabajo de fuerza.

Si haces carrera en cinta antes de pesas, el rendimiento de las pesas se ve afectado al haber consumido parte de la energía corporal en forma de glucógeno para la carrera.
Por contra, si haces pesas antes del aeróbico entrenas con máxima eficiencia energética la fuerza y para el aeróbico el cuerpo tira con lo que le quede de glucógeno + grasas.

Vamos, que si corres antes de entrenar te cansas y tienes menos fuerza

Lo de la destrucción muscular por hacer aeróbicos... Si alguen hace pesas, el estímulo del entrenamiento ya lo tiene el músculo, aunque luego se vaya a la bici no lo va a "olvidar" el músculo. Aparte de que el corazón y el sistema cardiovascular en general agradecen algo de ejercicio aeróbico.

El problema es si quieres entrenar muchas pesas y muchos aeróbicos. Como son distintos tipos de fibras musculares, el cuerpo siempre busca un equilibrio y llegará hasta donde pueda en las demandas de los dos tipos de ejercicio. Un maratoniano que quiera volumen muscular deberá sacrificar parte de su capacidad de resistencia, al igual que un culturista que quiera resistencia aeróbica deberá sacrificar parte de su exagerado tamaño muscular de fuerza pura.

Pero claro, lo bonito es que con ese entrenamiento combinado puedes llegar a estar muy bien en ambos aspectos, acercándote al ideal de atleta completo.