Jordupar, si te quieres entretener en repetir la prueba, tal vez deberias eliminar una variable que hay que tener en cuenta en las comparativas de recompresiones. Hay que usar los mismos bps por pixel. (Parametro que puedes ver como QF dentro del Gspot) Esta claro que este parámetro si la codificación es VBR sería un dato "medio" y no puntual.

Por ejemplo, si tomamos como referencia que el "original" que has tomado es a 24fps, (aunque no tengo claro si has modificado los fps en la recodificación pero siendo igual en ambos casos no nos varia los resultados)

1080p @ 6.000kbps --> Qf = 0.12 bits/pixel-frame
720p @ 6.000 kbps --> Qf = 0.27 bits/pixel-frame

por tanto la compresión es mucho menor en 720 y la calidad debe ser diferente. Para que la prueba fuera más equitativa deberias recomprimir el 720p -->

Qf 0.27 @ 720p --> Bitrate = 2.654 kbps (escaso pero equitativo)

saludos