Lo que tienes que hacer es, por ejemplo, crearte un directorio en c: y meter allí todos tus archivos para evitar que la reinstalación los machaque (si por ejemplo los tienes en Mis Documentos, aunque creo que ni eso, pero bueno, por si acaso). Una vez que tengas todo lo importante en ese directorio ya puedes reinstalar sin miedo a cargarte nada (no lo recuerdo en el Windows Me, pero si te pregunta si quieres formatear durante la instalación evidentemente no lo hagas).