necesitas un programa de autoria yo uso dvdlab pro que va muy bien. No entiendo lo de la seleccion de audio en tu caso, pero bueno, el programa admite hasta 8 pistas de audio.

Sobre lo de pasar un audio estereo a multicanal 5.1 lo veo complicado, basta ver las pistas falsas 5.1 tipicas de suevia. Siempre puedes bajas el volumen de los traseros y codificarlo con soft encode, pero sera falso 5.1

Lo de pasar unos videos 4/3 a 16/9, te va a recortar la imagen o te creara barras negras verticales. Puedes jugar con el tmpeg y lograr algo.