Hace mucho que borraste las entradas del registro ?? , porqué sino yo lo que recomendaría es Restaurar el sistema a un punto anterior y luego volver a realizar el proceso de registrar windows.
Aunque ahora que comentas lo del error HKEY_LOCAL_MACHINE\software\microsoft\windows\curr entversion\run .... bueno esto es lo que windows carga al iniciar y lo mete en memoria... puedes ver lo que tienes si le das a Inicio-Ejecutar y escribes MSCONFIG y en la pestaña de arriba la última de Inicio, verás todo lo que te carga... posiblemente te falte alguna cosa referente a algún programa de ITunes.., prueba de desinstalar todo lo de ITunes y volver a meterlo.
Salu2