Si no lo sabes, es que no arranca: al encender el pc el transcoder muestra una ventana, asi que tendrías que verlo. En todo caso, puedes hacerlo manualmente (si no sabes como, dímelo y te echo un cable)
Lo de que no veas los mkv debería (ejem) ser problema de los codecs... Usas el K-lite? lo digo por que yo es el que uso y va perfectamente