Añade una linea al rcS con el comando que quieres que se ejecute en cada arranque, dando un tiempo para que ser cangen los puntos de montaje, por ejemplo:
sleep 60 && /tmp/hdd/root/samba/samba/smbd/rc.smbd start
CUIDADO si lo haces mal, puede que no te arranque y tengas que volver a flashear el firmware.