Las pocas películas SBS que he probado, siempre se han mostrado así y he tenido que ir al menú de la tele o proyector e indicarle que esa imagen 2D SBS (porque en realidad viene mostrada en una imagen 2D) es una imagen 3D SBS.
Es decir, si estás usando el JVC hay un menú 3D que estará en automático pero con eso reconoce el "framepack", es decir, los originales que incluyen esa doble imagen por separado, pero para MKVs SBS y tal tendrás que ir e indicarle que eso, aunque a nivel de fotogramas es 2D, en realidad es una imagen 3D compuesta de esa forma.
No se si en el reproductor se podrá también indicar que es 3D SBS, como te digo tengo muy poca experiencia con ese tema.