Bueno pues al fin he conseguido reparar los dos subdirectorios dañados, y borrarlos.
El programa unlocker no ha podido, así que he tenido que hacerlo a lo rústico.
Desde la ventana de comprobación de errores de XP me he metido en el HMR y le he dicho que reparara los archivos erróneos, después de unas 10 horas (mi disco es de 1Tb) ha terminado satisfactoriamente.

No se si ha sido problema del nuevo f/w C420 pero por si acaso no os recomiendo que desde FTP (imagino que conectado por cable con el PC tampoco) creeis nuevos subdirectorios ya que a mi me han dado problemas, y he perdido todo lo que tenía dentro de ellos.

Salu2!!